Différence entre SYBR Green et Taqman | SYBR Green vs Taqman

Différence clé - SYBR Vert vs Taqman

SYBR Vert et Taqman sont deux méthodes employées pour détecter ou surveiller le processus d'amplification de la PCR en temps réel. SYBR Green est une méthode basée sur l'intercalation de la coloration de l'acide nucléique tandis que Taqman est une méthode basée sur la sonde d'hydrolyse. Les deux technologies sont conçues pour générer de la fluorescence pendant la PCR, ce qui permet à la machine PCR en temps réel de surveiller la réaction en «temps réel». La méthode SYBR Green est réalisée à l'aide d'un colorant fluorescent appelé SYBR green et détecte l'amplification en liant le colorant à l'ADN double brin produit. Taqman est réalisée à l'aide de sondes à double marquage et détecte l'amplification par dégradation de la sonde par Taq polymérase et libérations du fluorophore. C'est la différence clé entre SYBR Green et Taqman.

TABLE DES MATIÈRES

1. Vue d'ensemble et différence clé

2. Qu'est-ce que SYBR Green

3. Qu'est-ce que Taqman

4. Comparaison côte à côte - SYBR Green vs Taqman

5. Résumé

Qu'est-ce que SYBR Green?

SYBR Green est un colorant fluorescent utilisé pour colorer les acides nucléiques, en particulier l'ADN double brin en biologie moléculaire. La méthode SYBR Green est utilisée pour quantifier les produits de PCR pendant la PCR en temps réel. Une fois qu'il se lie à l'ADN, le complexe ADN-colorant résultant absorbe la lumière bleue et émet une lumière verte intense. Cela arrive en raison du changement structurel qui se produit dans la molécule de colorant lors de la liaison avec l'ADN double brin. Lorsque la PCR crée de plus en plus d'ADN, plus de molécules de colorant se lient à l'ADN, générant plus de fluorescence. Par conséquent, la fluorescence augmente avec l'accumulation du produit de PCR. Par conséquent, la quantité de produit de PCR peut être mesurée quantitativement par la détection de fluorescence SYBR Green.

Le colorant vert SYBR peut également être utilisé pour le marquage de l'ADN en cytométrie et en microscopie fluorescente. Le bromure d'éthidium a été remplacé avec succès par SYBR Green puisque le bromure d'éthidium est un colorant cancérigène avec des problèmes d'élimination lors de la visualisation de l'ADN lors de l'électrophorèse sur gel.

Il y a des avantages et des inconvénients de la méthode verte SYBR. Cette méthode est très sensible, peu coûteuse et facile à utiliser. Cependant, en raison de sa capacité à se lier à n'importe quel ADN double brin, la liaison non spécifique peut conduire à une quantification excessive du produit de PCR.

Figure 01: Technique verte SYBR

Qu'est-ce que Taqman?

Taqman est une méthode alternative à SYBR Green pour surveiller le processus PCR en temps réel. Cette méthode dépend de l'activité exonucléase 5 '- 3' de l'enzyme Taq polymerase pour dégrader les sondes pendant l'extension du nouveau brin et la libération du fluorophore.Les sondes à double marquage sont utilisées dans cette méthode et sont basées sur l'hydrolyse des sondes. Les sondes sont des oligonucleotides d'ADN marqués par fluorescence ayant une molécule rapporteur fluorescente (fluorophore) à l'extrémité 5 'et une molécule extinctrice à l'extrémité 3'. Ils sont conçus pour se lier au modèle simple brin du côté opposé des anneaux d'amorces. La polymérase Taq ajoute des nucléotides à l'amorce et étend le nouveau brin vers les sondes à double marquage. Une fois que la polymérase Taq rencontre la sonde, l'action exonucléase de la polymérase Taq active et dégrade la sonde. Une fois terminée la synthèse du nouveau brin, la sonde est complètement dégradée et libère le fluorophore. La libération de fluorophore génère une fluorescence. Fluorescent Quencher molécule éteint efficacement la lumière émise et crée la sortie pour la quantification du produit PCR. La libération de fluorophores et la quantité de produits de PCR sont proportionnelles. Par conséquent, la quantification peut être facilement réalisée par la méthode de Taqman.

Figure 02: Méthode Taqman

La méthode Taqman est utilisée dans la PCR en temps réel, la quantification de l'expression des gènes, la détection de polymorphismes génétiques, la quantification des délétions d'ADN chromosomique, l'identification bactérienne, la vérification de l'analyse des microréseaux, le génotypage SNP etc. > Quelle est la différence entre SYBR green et Taqman?

- diff Article Moyen avant Table ->

SYBR Green vs Taqman

Le SYBR Green est basé sur le colorant de liaison à l'ADN.
Taqman dépend des sondes d'hybridation et de l'activité exonucléase 5 'à 3' de la polymérase Taq.	Sondes marquées par fluorescence
Aucune sonde à marquage fluorescent n'est requise.
Des sondes à double marquage sont requises.	Analyse du gène multiplex
Il ne peut pas être utilisé pour des cibles de gènes multiplex.
Il peut être utilisé pour les cibles de gènes multiplex.	Coût
C'est moins cher.
C'est plus cher.	Spécificité
Ceci est moins spécifique et se lie à n'importe quel ADN double brin
Ce sont très spécifiques car les sondes détectent les produits d'amplification spécifiques.	Efficacité
C'est moins efficace.
C'est très efficace.	Application
Elle est utilisée dans la PCR en temps réel, la visualisation en gel d'agarose, le marquage de l'ADN, etc.
	Résumé - SYBR Green et Taqman

Taqman et SYBR green sont deux méthodes employées dans la PCR en temps réel (PCR quantitative). Les deux méthodes permettent la quantification efficace du produit de PCR et reposent sur l'émission de la fluorescence. La méthode Taqman utilise des sondes à double marquage pour la détection de l'ADN accumulé tandis que la méthode SYBR Green utilise un colorant fluorescent. Ces deux méthodes ont également des applications différentes en biologie moléculaire.

Référence:

1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour et Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Comparaison des méthodes SYBR Green et TaqMan dans l'analyse quantitative en temps réel de la réaction en chaîne par polymérase de quatre sous-types de récepteurs de l'adénosine."Recherche biomédicale avancée. Medknow Publications et Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 mars 2017.

2. "Principes de base de la PCR en temps réel. "PCR en temps réel, quantitative (qPCR), amorces et mélange de base: Primerdesign Ltd. N. p., n. ré. Web. 13 mars 2017.

3. "SYBR Green et autres colorants PCR en temps réel. "Biocompare. N. p., 05 avr. 2010. Web. 14 mars 2017

Courtoisie d'image:

1. "PCR avec SYBR vert" Par -Ygonaar 23: 09, 7 mars 2006 (UTC) - C'est un graphique créé par Ygonaar avec Power point, CC BY-SA 3. 0, // commons. wikimedia org / w / index. php? curid = 619528

2. "Taqman" Par Utilisateur: Braindamaged - Travail personnel (Domaine Public) via Commons Wikimedia