Différence entre RT PCR et QPCR | RT PCR vs QPCR

Différence clé - RT PCR vs QPCR

La réaction en chaîne de la polymérase est une technique utilisée pour amplifier une région spécifique de l'ADN in vitro. En raison de l'invention de cette technique par Kary Mullis en 1983, les scientifiques sont capables de produire des milliers ou des millions de copies de fragments d'ADN spécifiques à des fins de recherche. Actuellement, il est devenu une technique couramment utilisée dans les laboratoires cliniques et de recherche pour une grande variété d'applications. Il existe des variantes de la technique de PCR traditionnelle telle que la RT PCR, la PCR nichée, la PCR multiplex, la PCR Q, la RT-QPCR, etc. La RT PCR et la PCR Q sont deux variations importantes de la PCR. La différence clé entre RT PCR et Q PCR est que la PCR RT est utilisée pour détecter l'expression génique par la création de transcrits d'ADN complémentaire (ADNc) à partir d'ARN pour mesurer quantitativement les produits de PCR en temps réel en utilisant des colorants fluorescents.

TABLE DES MATIÈRES

1. Vue d'ensemble et différence clé

2. Qu'est-ce que la RT PCR

3. Qu'est-ce que QPCR

4. Comparaison côte à côte - RT PCR vs QPCR

5. Résumé

Qu'est-ce que la RT PCR?

L'amplification en chaîne par polymérase (RT PCR) est une variante de la PCR qui est utilisée pour détecter l'expression de l'ARN. C'est une méthode très importante pour détecter l'expression de l'ARNm dans les tissus. RT PCR est utilisé lorsque le matériau de départ de l'échantillon est de l'ARN. Dans RT PCR, l'ARNm de matrice est d'abord converti en ADN complémentaire. Cette étape est catalysée par l'enzyme transcriptase inverse et le processus est connu sous le nom de transcription inverse. Deuxièmement, la PCR traditionnelle est utilisée pour l'ADNc nouvellement synthétisé pour l'amplification.

RT La PCR est une technique très sensible qui nécessite une quantité relativement faible d'échantillon d'ARN. RT PCR est couramment utilisé dans le diagnostic et la quantification des espèces d'ARN, en particulier les virus à ARN tels que le virus de l'immunodéficience humaine et le virus de l'hépatite C.

Figure 01: Technique RT PCR

Qu'est-ce que le QPCR?

La PCR quantitative (QPCR) est une variante de la PCR qui est utilisée pour mesurer quantitativement les produits de PCR. Il est également appelé réaction en chaîne de la polymérase en temps réel puisqu'il mesure l'amplification du temps réel en utilisant une machine de PCR en temps réel. C'est une méthode appropriée pour déterminer la quantité d'une séquence cible ou d'un gène présent dans un échantillon. La caractéristique intéressante de QPCR est qu'il combine à la fois l'amplification et la véritable quantification en une seule étape. Par conséquent, le besoin d'une électrophorèse sur gel dans la détection peut être éliminé par la technique QPCR. QPCR utilise des colorants fluorescents pour étiqueter les produits de PCR pendant les réactions de PCR qui conduisent éventuellement à une quantification directe.Lorsque les produits de PCR s'accumulent, les signaux fluorescents s'accumulent également et seront mesurés par la machine en temps réel. QPCR peut être combiné avec RT PCR. Il est connu sous le nom de RT-QPCR ou QRT-PCR et est considéré comme la méthode la plus puissante, sensible et quantitative pour la détection des niveaux d'ARN dans les cellules ou les tissus.

SYBR Green et Taqman sont deux méthodes employées pour détecter ou surveiller le processus d'amplification de la PCR en temps réel. La méthode SYBR Green est réalisée à l'aide d'un colorant fluorescent appelé SYBR green et détecte l'amplification en liant le colorant pour produire de l'ADN double brin. Taqman est réalisée en utilisant des sondes à double marquage et détecte l'amplification par dégradation de la sonde par Taq polymérase et libérations du fluorophore comme indiqué sur la figure 02. Les deux méthodes surveillent la progression du processus d'amplification et rapportent la quantité du produit en temps réel.

La PCR en temps réel a une grande variété d'applications telles que la quantification de l'expression des gènes, l'analyse d'ARN microARN et non codant, le génotypage de SNP, la détection de variants de copies, la détection de mutations rares, la détection d'organismes génétiquement modifiés, la détection d'agents infectieux, etc..

Figure 02: Technique de PCR quantitative

Quelle est la différence entre RT PCR et QPCR?

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RT PCR vs QPCR

RT La PCR est une technique utilisée pour détecter l'expression génique par amplification.
QPCR est une technique qui amplifie l'ADN et quantifie les produits PCR en temps réel.	Implication de l'enzyme transcriptase inverse
La transcriptase inverse enzymatique est utilisée pour la RT PCR.
La transcriptase inverse enzymatique n'est pas utilisée pour le QPCR.	Utilisation de molécules marquées par fluorescence
Les colorants fluorescents ou les sondes ne sont pas utilisés pour la RT PCR.
Des colorants ou des sondes fluorescents sont utilisés pour QPCR.	Quantification du produit de PCR
Sauf si couplé avec QPCR, RT PCR ne quantifie pas le produit de PCR.
QPCR mesure quantitativement le produit de PCR.	Matériau de départ
Le matériau de départ est l'ARNm.
Le matériel de départ est l'ADN.	Synthèse de l'ADNc
L'ADN complémentaire est produit pendant la RT PCR.
L'ADN complémentaire n'est pas produit pendant QPCR.	Résumé - RT PCR vs QPCR

RT La PCR et le QPCR sont deux versions de la PCR traditionnelle. RT technique de PCR est réalisée pour les échantillons d'ARNm et il est conduit par la transcription inverse et la production d'ADNc. QPCR est utilisé pour quantifier les produits de PCR pendant les cycles thermiques PCR en temps réel en utilisant des colorants fluorescents ou des sondes marquées. Dans QPCR, la quantité de produit de PCR est représentée par les signaux fluorescents émis par l'échantillon. RT PCR est couramment utilisé comme un processus d'amplification tandis que QPCR est couramment utilisé comme un processus de quantification. C'est la différence entre RT PCR et QPCR.

Références:

1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo et GK Agrawal. "PCR en temps réel: Révolutionner l'analyse de détection et d'expression des gènes. "Génomique actuelle.Bentham Science Publishers Ltd., juin 2007. Web. 03 avr. 2017

2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh et Jo Vandesompele. "Analyse d'expression génique directe et sensible RT-qPCR des échantillons FFPE. "Nouvelles de la nature. Nature Publishing Group, 22 février 2016. Web. 03 avr. 2017

3. Overbergh, L., Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon et C. Mathieu. "L'utilisation de la PCR en temps réel transcriptase inverse pour la quantification de l'expression des gènes de cytokines. "Journal des techniques biomoléculaires: JBT. L'Association des installations de ressources biomoléculaires, mars 2003. Web. 03 avr. 2017

Courtoisie d'image:

1. "Taqman" Par l'utilisateur: Braindamaged - Propre travail de l'auteur original (Domaine public) via Commons Wikimedia

2. "Reverse transcription polymerase chain reaction" Par Jpark623 - Propre travail (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia